Ca y est, nous avons présenté le projet Sponge Patrol à Boston !

Nous y avons reçu une médaille de Bronze, ainsi qu'un prix spécial "Interlab Studies". C'est grâce à vous que cette aventure a été possible, aussi nous vous remercions du fond du cœur.

Ci-dessous, nous vous avons résumé la compétition à Boston :

245 équipes étudiantes, venant du monde entier, se sont réunies à Boston en novembre pour présenter leur projet. Tous avaient des projets passionnants, que ce soit dans le domaine de l'environnement, de la santé, de l'énergie, de l'agro-alimentaire, etc. Etaient aussi présents les jurys de la compétitions (principalement des chercheurs et des ingénieurs), et de nombreux partenaires et sponsors de la compétition.

Nous avons présenté notre projet de deux façons :

1) une présentation orale de 20 minutes a été faite par Matthieu, Cécile et William, devant les jurys et une salle remplie. Toute l'équipe les ont ensuite rejoint pour répondre aux questions du jury et du public.

2) une présentation plus informelle, mais tout aussi importante, à tous ceux qui nous le demandaient en passant devant notre poster affiché plusieurs jours dans le grand hall. Nous avons présenté notre poster, expliquant en détail notre projet, à tous les étudiants, chercheurs et autres curieux intéressés. Tous ont trouvé notre approche du problème de la pollution de l'eau très originale et intéressante ! Beaucoup nous ont d'ailleurs demandé si l'on allait continuer à travailler sur le projet après la compétition, car ils aimaient beaucoup l'idée d'une éponge pouvant servir de biosenseur ou de dépolluant biologique.

LES PRIX :

Tout d'abord, nous avons reçu une médaille de bronze !

Cela ne signifie pas que nous avons eu la 3ème place, malheureusement : beaucoup d'équipes ont eu des médailles de bronze. Les 6 équipes arrivées sur le podium (3 gagnants "undergraduates" et 3 équipes "graduate") avaient des projets vraiment impressionnants, avec des applications pratiques immédiates et commercialisables, et déjà des partenariats avec des entreprises. Si vous êtes curieux, je vous encourage vivement à aller regarder les projets de ces équipes gagnantes!

Les jurys ont également nommés une équipe gagnante par "track" (ex : santé, environnement, énergie...). Mais la première place de la track Environnement est allée à l'équipe du Minnesota, qui s'est attaqué au problème de la pollution de l'eau par le mercure. Le reste des équipes n'a pas été classé. Mais certaines, comme nous, ont été récompensées de médailles.

Ce qui était important pour avoir des médailles, était surtout de concevoir et fabriquer de nouvelles "biobriques", ainsi que d'en améliorer des existantes. Les "biobriques" sont des séquences d'ADN codant une fonction spécifique, et construits d'une façon standardisée. Le but est de pouvoir les insérer facilement dans des organismes tels que les bactéries, pour qu'elles acquièrent la dite fonction.

Nous avons pour notre part créé 6 nouvelles biobriques, et en avons amélioré 2 existantes. Ces biobriques sont maintenant disponibles dans la "Registry of Standard Biological Parts" du MIT.

Malheureusement, nous avons réussi à obtenir de réels résultats fin octobre seulement, avant Boston certes mais après la "deadline" imposée par le MIT. D'après ce que nous avons compris, nous aurions pu avoir une médaille d'or (plutôt qu'une bronze) en ayant les résultats plus tôt, mais les jurys ont été très stricts cette année sur la deadline. Tant pis. En biologie, les expériences prennent beaucoup de temps, il est impossible de les hâter. Le plus important est de tout de même avoir obtenu les résultats espérés au final, à savoir des biobriques qui fonctionnent !

Nous avons également reçu un prix spécial "Interlab Studies", pour avoir participé, parallèlement à notre projet Sponge Patrol, à un projet optionnel ambitieux proposé par iGEM : une étude inter-laboratoire visant à prouver que des résultats sont reproductibles, par des personnes différentes dans un laboratoire différent et avec des appareils différents. C'est un test courant en sciences, pour s'assurer que des résultats sont consistants.

La quarantaine d'équipe qui ont participé ont ainsi tous calculé, dans leur propres labos et avec leurs propres appareils, les niveaux de fluorescence émis sous l'effet de différents promoteurs. Toutes les données ont ensuite été rassemblées pour voir si les différentes équipes avaient ou non obtenu les mêmes résultats (et la réponse est oui, nous avons tous eu des résultats très proches !).

Ce genre d'étude est très important, surtout en biologie, où les résultats peuvent souvent varier d'un laboratoire à l'autre pour les mêmes expériences. Nous avons donc participé au plus grand Interlab Study jamais fait à iGEM !!!

ET APRES ? UNE PRESENTATION AU GRAND PALAIS...

J'ai l'immense plaisir de vous annoncer que nous avons été invités à présenter Sponge Patrol au Grand Palais (Paris), lors du grand salon "Osons la France, tous visionnaires" !!

Venez écouter le pitch "Sponge Patrol"

Dimanche 7 décembre à 13h08

au salon "Osons la France" au Grand Palais (Paris) !!!

http://osonslafrance.com

Si vous n'habitez pas loin de Paris, venez nous voir et nous rencontrer !!

...ET UN ARTICLE !

Nous allons également essayer de publier un article dans une revue scientifique sur la bactérie marine vivant dans les éponges de mer et sur laquelle nous avons travaillé, Pseudovibrio denitrificans. Nous avons été les premiers à séquencer et assembler son génome, et les premiers aussi à réussir à la transformer. Son génome annoté et le protocole de transformation que nous avons établi sont des contributions non négligeables à la science, en particulier pour la communauté iGEM : notre travail permettra aux équipes futures de travailler avec une bactérie marine, ayant un important potentiel pour résoudre de nombreux problèmes liés à la pollution de l'eau. 

Nous avons déjà commencé à travailler sur cet article !

L'AVENIR DE SPONGE PATROL

Comme beaucoup de gens à Boston, vous vous demandez peut-être si des éponges marines dépolluant l'eau vont bientôt être lâchées dans les océans. La réponse est non. Tout d'abord, simplement parce qu'il est illégal de libérer dans l'océan des organismes modifiés par biologie synthétique, même s'ils pourraient servir de dépolluants. Ces organismes doivent rester confinés dans les laboratoires ou des milieux hermétiques. Si Sponge Patrol voyait réellement le jour, ce serait donc a priori dans des aquariums hermétiques, dans lesquels on mettrait l'eau que l'on voudrait tester, afin d'éviter que nos bactéries transformées s'échappent dans la nature.

Ensuite, nous ne pouvons malheureusement pas continuer à travailler nous-mêmes sur ce projet. Nous sommes allés aussi loin que nous avons pu pendant le temps imparti, avec le budget que nous avons réussi à obtenir de nos sponsors et grâce à vous. L'année prochaine, une nouvelle équipe iGEM Evry travaillera sur un nouveau projet, et nous espérons que vous serez toujours là pour la soutenir ! Mais pour que le projet Sponge Patrol continue au delà de ce que nous avons déjà fait, il faudrait que des chercheurs ou des entreprises s'y intéressent vraiment et décident de poursuivre nos recherches.

Dans tous les cas, nous ne doutons pas que nos travaux (que ce soit nos biobriques, notre séquençage de Pseudovibrio, ou nos protocoles de transformation) seront utiles à de futures équipes iGEM et à des chercheurs, quel que soit leur projet !

LES COMPENSATIONS DU CROWDFUNDING

Les photos et T-shirts promis arrivent ! Nous avons déjà les T-shirts, nous attendons encore les photos puis nous enverrons tout ! Attendez un paquet prochainement si vous avez demandé une compensation physique, ou un mail si vous avez demandé la photo ou le poster en version digitale ! =)

REMERCIEMENTS

Notre aventure touche à sa fin, et nous aimerions encore une fois remercier tous ceux grâce à qui elle a été possible.

Nous devons énormément à nos sponsors, sans qui nous n'aurions pas pu monter cette équipe et faire nos recherches.

Nous sommes également très reconnaissants à MyMajorCompany, qui a accepté de présenter notre projet sur leur site et qui a rendu ce financement participatif possible. C'est aussi grâce au staff de MMC que nous avons pu participer à l'action "Partager Protéger" de AXA, et grâce à eux que nous allons présenter Sponge Patrol au grand salon "Osons la France, tous visionnaires" au Grand Palais le 7 décembre. MyMajorCompany ne s'est pas contenté d'héberger notre crowdfunding, mais s'est réellement impliqué dans la promotion de notre projet en nous recommandant de participer à ces deux événements, dont nous n'aurions jamais entendu parler autrement. Lancer une campagne de financement participatif sur leur site a été une formidable expérience.

Et enfin, bien sûr, nous adressons un immense merci à tous nos contributeurs MMC, et à tous ceux qui ont assidûment voté pour nous sur AXA, tous les jours pendant un mois ! Nous vous devons énormément. MERCI !!!

Pour finir, quelques photos :

- Jamboree de Boston

Encore merci à tous nos contributeurs pour votre précieux soutien. Nous enverrons toutes les contreparties dès notre retour de Boston, donc dans une dizaine de jours (photos, T-shirts, etc.).

Vous pouvez déjà voir vos noms en première page de notre site : http://2014.igem.org/Team:Evry !! 

Nous vous tiendrons au courant de la suite très prochainement!

A bientôt et encore merci,

L'équipe iGEM d'Evry.

Le projet Sponge Patrol pourrait être financé par AXA s'il remporte le plus de voix dans le cadre de l'opération Protéger-Partager. Chacun peut voter une fois par jour, et il ne reste plus que 3 jours pour voter.

Pour soutenir notre projet, merci d'aller voter sur : http://partagerproteger.axa.fr/sponge-patrol-purificateur-eau-igem-evry.html

Vous pouvez voter aujourd'hui, demain et mardi, cela prend quelques secondes. Chaque voix compte !!

Merci de votre aide,

L'équipe d'Evry.

Nous remercions énormément tous nos contributeurs pour nous avoir apporté leur soutien jusqu'ici. Grâce à vous, nous avons déjà atteint notre objectif. Voir autant de gens intéressés par notre projet nous a également énormément motivés. Merci beaucoup !!

Si vous n'avez pas encore contribué au projet et qu'il vous intéresse, n'hésitez pas ! Même si nous avons atteint l'objectif que nous avions fixé sur MMC, toute contribution supplémentaire est la bienvenue. En effet, cela nous permettrait d'acheter davantage de matériel, d'aller plus vite dans nos expériences, et donc d'avoir un projet plus abouti lors de notre deadline en octobre.

Comme vous l'avez compris, notre objectif est d'intégrer dans une bactérie des systèmes de détection de plusieurs polluants, et de profiter du puissant système de filtration de l'éponge de mer pour avoir un système biologique capable de tester la qualité de grands volumes d'eau en peu de temps.

N'hésitez pas à visiter notre nouveau site :

 http://2014.igem.org/Team:Evry ! 

Le site est en cours de rédaction (certaines pages sont encore vides), mais vous pouvez déjà y voir l'avancée de notre projet. Attention, tout est en anglais.

AVANCEE DE NOTRE PROJET :

- Sur les 5 polluants que nous voulions étudier, nous avons finalement du nous restreindre à 3 : le PCB, le phénol et le nitrite, faute de temps et de moyens, ainsi que pour des raisons de sécurité.

- Nous avons séquencé le génome de la bactérie vivant dans l'éponge, PseudoVibrio.

- Nous avons construit un gène de détection du PCB, que nous avons envoyé au "Registry of Standard Biological Parts" du MIT.

- Nous avons construit par Golden Gate un système de détection du PCB.

Pour vous en expliquer le fonctionnement en quelques mots : chaque gène de l'ADN code une protéine, lorsqu'il est activé par un promoteur. Notre construction est un plasmide comprenant deux gènes et leurs deux promoteurs respectifs.

Le promoteur 1 est toujours activé, et donc le gène 1 produit en continu une protéine 1, qui bloque le promoteur 2. Mais lorsqu'il y a du PCB, la protéine 1 se lie avec, et ne bloque plus le promoteur 2. Le gène 2 peut alors s'exprimer, et produit une protéine fluorescente rouge.

Ainsi, lorsque l'on aura réussi à mettre cette construction dans la bactérie, elle produira une coloration rouge lorsque l'eau sera polluée par du PCB.

- Nous avons également construit un système de détection du phénol.

Ce plasmide comporte également 2 gènes et 2 promoteurs. Le promoteur 1 est toujours activé, et donc le gène 1 produit en continu un facteur de transcription. Lorsqu'il y a du phénol, ce facteur de transcription s'y lie, et va activer le promoteur 2. Le gène 2 produit alors une protéine fluorescente verte.

Ainsi, lorsque l'on aura réussi à mettre cette construction dans la bactérie, elle produira une coloration verte lorsque l'eau sera polluée par du phénol.

- Nous attendons encore les résultats d'une expérience ("RNAseq") pour le nitrite.

- Nous avons également fait une construction standardisée ("biobrique") pour la transposase Tn10.

- La bactérie sur laquelle nous travaillons est mal connue, et n'a à notre connaissance encore jamais été transformée, c'est-à-dire que personne n'a encore essayé (ou réussi) d'y intégrer un plasmide. C'est sur cette étape que nous rencontrons les plus grandes difficultés ; toutefois nous avons récemment réussi à transformer PseudoVibrio avec une transposase. Nous sommes également en train d'essayer de la transformer sans transposase. Notre objectif est de réussir à mettre nos systèmes de détection des polluants dans la bactérie.

- Par ailleurs, nous avons également travaillé sur un projet annexe proposé par le MIT, l'Interlab Studies, dont le but est de caractériser précisément certains promoteurs.

- Outre notre travail en laboratoire, nous faisons également des modélisations mathématiques et informatiques de nos systèmes. Nous travaillons ainsi sur un modèle décrivant comment la bactérie détectera le PCB, afin d'être capables de déduire la concentration de PCB présente dans l'eau en fonction de l'intensité de la fluorescence produite par la bactérie.